As doenças são uma das principais causas que prejudicam a obtenção de altos rendimentos na colheita da soja. Cerca de 40 doenças causadas por fungos, bactérias, nematoides e vírus já foram identificadas no Brasil. A maioria dos patógenos é transmitida através de sementes e, portanto, o uso de sementes sadias ou o tratamento das sementes é essencial para a prevenção e redução de perdas. Além disso, cerca de 15% das perdas estão relacionadas ao armazenamento inadequado da produção.
Desses contaminantes, os insetos constituem o principal fator de perdas nos grãos durante o período de armazenamento. Boas práticas agrícolas continuam sendo a melhor forma de prevenir a contaminação dos grãos e reduzir as perdas causadas por insetos. A aplicação de inseticidas pode ser feita das paredes, estruturas de armazenamento e nos grãos.
Outras precauções importantes são evitar a mistura de grãos recém-colhidos com grão de safras anteriores, assegurar que piso, telhado e paredes estejam em boas condições de impermeabilização e promover a limpeza de grãos antes do armazenamento, no caso de produção a granel.
